'Mononoke The Movie: The Phantom in the Rain' slutar med att medicinförsäljaren konfronterar Ayakashi, som är efterhängsen salarna för födelseceremonin. Den legendariska besegraren av Mononoke står inför den svåra uppgiften att hitta andens plats samtidigt som han försöker fastställa dess ursprung. Även om skälen förblir grumliga, ges tittarna en inblick i den förtryckande miljön inom Ooku och den politik som förgiftar dess inre, främst genom ögonen på de centrala karaktärerna, Asa och Kame. Något känns drastiskt av händelsen, inklusive de köttsliga händelserna i kejsar Tenshis kammare. I de sista ögonblicken framträder en tydligare bild av ceremonin och mörkret som brygger inuti den. Men det avråder fortfarande inte den tvetydighet som finns i berättelsen. SPOILERS FRAMÅT.
Dagar innan kejsar Tenshis nyfödda barns födelseceremoni går Asa och Kame, två unga flickor, i tjänst för majestätets harem. Den förra försöker främja sin karriär som skrivare genom att bli chefsskrivare i Ooku, medan den senare vill bli en konkubin åt kejsaren. Även om de har kontrasterande motiv, blir de två flickorna snabba vänner efter att ha blivit invigda i ceremonin av de två madamerna som ansvarar för förfarandet, Awashima och Mugitani. Men de inser omedelbart att något är fel med platsen efter att de fått dricka vatten från brunnen som smakar härsken. De blir också tillsagda att slänga sin mest omhuldade tillhörighet från sitt bagage i brunnen innan de börjar tjäna kejsaren.

I de yttre lokalerna av ceremonin genomför medicinförsäljaren en undersökning med sina andliga verktyg för att fastställa närvaron av en Ayakashi. Eftersom ingen man får komma in i Ooku, måste han vara diskret med sitt detektivarbete, ofta under överinseende av palatsvakten Sakashita. Så småningom får han reda på att en kraftfull kraft brygger i ceremonin, vilket förklarar några av de konstiga saker som Kame och Asa upplevt. Medan de två flickorna kommer i kontakt med ceremonins huvudhoncho, Madam Utayama, tycker de också att hennes regim är tuff och en hård miljö överlag. Saker och ting blir ännu mer komplicerade när Asa stöter på en främmande kvinna vid namn Kitagawa i sitt nya rum, som verkar oroad över att den unga flickan 'torkar ut'.
Efter att ha gått med i ceremonin som nya rekryter tilldelas de två flickorna låga positioner som hembiträden och får arbeta dag och natt för gästerna, som snart kommer när Ooky drar igång. Asa tar sitt jobb flitigt, medan Kame kämpar på grund av sin naivitet och ungdomliga överflöd. Den förstnämndes kompetens lockar snart till sig hån och avund från hennes överordnade, Awashima och Mugitani, särskilt efter att ha blivit befordrad till en högre rang en dag efter att hon gick med. Kame blir också måltavlan för sina fruar på grund av hennes oförmåga att utföra sina jobb på rätt sätt och är en naturlig skönhet. Samtidigt förhör två besökande samurajer från regeringen Madam Utayama om varför evenemanget försenades med månader – en fråga som inte får något adekvat svar.

När medicinförsäljaren fortsätter sin undersökning, snubblar han sakta över en rad oroande fynd, som på grund av hans stora erfarenhet inte fascinerar honom det minsta. Men dessa upptäckter går hand i hand med Kama och Asas personliga resa medan de arbetar som tjänarinnor under födelseceremonin. De två distinkta handlingstrådarna möts så småningom när medicinförsäljaren äntligen bekräftar närvaron av Ayakashi i byggnaden, som han kallar Karakasa. Dess attacker är ofta snabba och sker närhelst Kame har problem med sina fruar. Föga överraskande är de första mordoffren i Karakasa Madam Mugitani och Awashima, som försöker mobba Kame med extrem taktik. Deras kroppar torkas helt ut av anden och teleporteras utom synhåll.
Senare blir andans modus operandi och dess bakgrund tydligare när medicinförsäljaren lyckas avgöra hur den manifesterar sig i verkligheten. Eftersom de flesta Mononoke kommer till på grund av negativa mänskliga känslor, är en speciell berättelse förknippad med var och en av dem. När det gäller Karakasa är dess skapelse kopplad till Madam Kitagawa, den märkliga kvinnan som besöker Asa några gånger. Damen blir vän med Asa och ger henne värdefulla råd om att överleva som medlem av ceremonin och säger åt henne att hålla fast vid något som är värdefullt för henne eftersom det är det enda sättet hon inte kommer att torka ut. Hennes användning av frasen 'torka upp' passar perfekt med det sätt på vilket Karakasa gör sig av med sina offer. Men det knyter an till Lady Kitagawas personliga upplevelser när hon tjänstgjorde som hembiträde vid ceremonin.

Som det visade sig hade Kitagawa, liksom Asa, gått med i födelsefirandet för att göra hennes namn som en begåvad skribent. Men allt eftersom tiden gick blev hon offer för de invasiva kvinnofientliga metoder som rådde inom ceremonins ortodoxi, vilket urholkade hennes identitet. Även hon hade en nära vän som Kame i sitt liv, men på grund av det ansvar som lades på hennes axlar klippte hon alla sina band med flickan och bestämde sig för att fokusera på sina uppgifter. Senare fick hon veta att flickan dödades och hennes kropp kastades i brunnen. Det lämnade hennes känsla mer och mer uttorkad känslomässigt och ledde till att hon hoppade ner i brunnen för att ta livet av sig. Efter hennes bortgång hade hennes negativa känslor och känslor gett upphov till Mononoke. Därför dödade anden alla som utmanade Asa och Kame eftersom den kände ett släktskap med de två flickorna.
Men när man reder ut mysteriet blir det klart att Karakasa faktiskt kom till liv efter att Kame kastade sin mormors kam i brunnen. Det är ett resultat av de urgamla traditioner som förtryckte kvinnorna i Ooku, som binder dem till deras ansvar samtidigt som de inte gav dem något utrymme för uttryck eller frihet. Karakasa är en kaotisk manifestation av den upproriska ande som lurade i Kitagawas själ. Eftersom hon inte kunde slå tillbaka, tog anden över från henne och fick en form och nytt arrende genom att kamstiftet kastades i brunnens vatten. Det är också möjligt att Kitagawas ande kände en likhet mellan Kame och flickan som hade varit hennes vän tidigare, vilket säkerställde att inget hemskt hände henne den här gången.

Även om att ta reda på Karakasas närvaro är det första steget i medicinförsäljarens resa för att komma till botten med ärendet, misslyckas han fortfarande med att hantera det på grund av sin brist på information. Eftersom hans enda metod för att besegra en sådan fiende är att använda sitt legendariska heliga svärd, Kon, måste huvudpersonen upptäcka tre saker om Ayakashi innan han kan dra sitt svärd – dess form, sanning och förnuft. Läkemedelsförsäljaren lär sig den första delen efter att ha upptäckt dess närvaro före någon annan och bestämt dess cirkulära karaktär genom att studera fuktmönstret på golvet. Den ansluter också bra till dockan som Kitagawa skänkte Asa, som konstigt nog saknar ett paraply. Den cirkulära formen påminner om formen av ett paraply och den verkliga formen av demonen som förföljer Ooku.
Den andra delen av hans tre krav uppfylls efter att medicinförsäljaren kopplar andens existens till Lady Kitagawa, medan den tredje blir uppenbar efter att han äntligen lärt sig den tragiska bakgrunden bakom Karakasas födelse. Med alla tre sakerna äntligen i hans grepp, drar han sitt svärd i slutet av filmen och engagerar sig i en fullskalig strid med Mononoke. Slutkampen tar en mängd förvirrande vändningar. Det börjar dock när Saburomaru, en av de två samurajerna som vistas i ceremonihushållet, tar ett dyk i den förorenade brunnen och upptäcker de döda kropparna av alla tjänarinnor från förr, vilket också är anledningen till att vattnet smakar härskt. Därefter avslöjar Karakasa sig själv genom att försöka döda Madam Utayama, som anden anser vara källan bakom alla onda metoder i Ooku.

Med hjälp av sitt svärds fulla kraft förvandlas medicinförsäljaren och tar kampen mot Ayakashi, håller det tillbaka och skyddar människorna i dess närvaro. Det varar inte länge eftersom han snabbt kan besegra den genom att krossa den i en miljon bitar. Även om det avslutar cykeln av hat och våld som hade slagit rot i födelseceremonin, var de samhällsfrågor som hade manifesterat Ayakshi fortfarande ganska starka så länge Utayama överlevde. De sista ögonblicken avslöjar dock att den auktoritära frun har avsatts. Det är fortfarande oklart om hon degraderades och skickades iväg på grund av hemligheterna hon hade hållit gömda för den undersökande samurajen eller om hon gick bort i det sista bråket med Karakasa. Oavsett vilket betyder det en ny gryning för födelseceremonin.
Filmens sista ögonblick koncentreras på Asa och Kames öde i efterdyningarna av striden. Efter Madam Utayamas avlägsnande faller bördan av att organisera dess evenemang på Asa, som tar över huvudrollen som honcho. Hon bestämmer sig för att omfamna sitt liv som programledare men med en iver att rätta till sin föregångares brister, särskilt i hur hon använder sin auktoritet utan att missbruka den som andra. Efter att ha genomlevt tragedin med Lady Kitagawa verkar det osannolikt att hon kommer att gå igenom samma fallgropar eftersom hennes utveckling är mer försiktig och mycket känsligare. Hennes beslut att stanna kvar vid ceremonin innebär dock att hennes relation med Kame tar slut. Den unga flickan flyttar ut från platsen och bär med sig en ny kamnål medan Asa stannar kvar.

Eftersom Asa och Kame hade varit så nära varandra under hela berättelsen, ger deras avgång från varandras liv ett bitterljuvt inslag till slutet, särskilt om du läser in i deras band med en mer romantisk aspekt till det. Även om känslorna kunde ha varit rent platoniska, finns det en känsla av hjärtesorg när de två slutar splittras. Det känns dock oundvikligt med tanke på hur olika de är som människor och vilket ansvar de var och en måste axla allt eftersom tiden går. Det är osannolikt att Asa någonsin kommer att vara lika frisinnad som Kame, och likaså är det osannolikt att den andra tjejen någonsin kommer att bli fjättrad av förväntningar och karriärmål. De är båda som de är och vad de är av en anledning, och det kommer inte att förändras.